序幕：死亡通知单Darker的案子暂时告一段落，罗飞所在的专案组已经解散。罗飞去警校任教，给学员们讲解了Darker的案情：在一条偏僻的小巷里，一名女人遭到一蒙面的神秘人连捅数刀身亡，死者手法残忍至极，罗飞经验老道地对凶手的作案手法做了一一点评。从死者指甲断裂的线索得到凶手作案时穿着雨衣，经过一番分析，最终得出凶手是一名左手虎口处有刀伤的渔民。罗飞的分析丝丝入扣，台下的掌声如雷。现场学员提出让罗飞分享一下Darker的案情，却引起了罗飞的心病，在他心里，Darker的案件并没有完结。
罗飞看着同事穆剑云发来的邮件，他的思绪飞到了一年前。罗飞的未婚妻孟芸在十多年前就已经去世，但在一年前调查Darker案件时，孟芸却意外现身，接着又神秘消失。罗飞一心想找到孟芸的下落，于是他来到东南亚某国，在毛警司的帮助下见到了东南亚路岛监狱的典狱长张海峰。罗飞请求张海峰帮忙安排他和薛天（原名孟寒，孟芸的弟弟）见面。罗飞在张海峰的安排下得以和孟寒会面，罗飞想从薛天口中得知孟芸的下落。薛天却让他假扮Darker，引孟芸现身。罗飞听从了薛天的建议，穿上Darker标志性的雨衣，穿梭在偏僻的小巷里。
暗黑者3海报因果路案件：一早电视台就报导了因果路发生肇事逃逸的新闻，被撞的段某当场死亡，肇事车辆被锁定著名企业家云笙之子云天明的跑车。随后云家的司机杜某去投案自首，但其中疑点重重，大家都怀疑云笙买通司机替云天明顶包。这时罗飞接到上司丁局的电话，死亡通知单再次出现，召他尽快回警局调查案情。
因果路案情引起媒体和群众的高度关注，精英队二队长全力以赴，在现场勘察。这时罗飞突然出现，两人一年多未见面，一见面就开始掐架。二队长根据车祸现场的蛛丝马迹进行分析，非常笃定地认为司机杜替云天明顶包。二队长劝罗飞申请调到精英队，并说罗飞的专案组已经解散，不要再游手好闲。罗飞却说专案组随时整装待命，并当着二队长的面给专案组组员打电话，不过组员们各自忙于自己的工作，对案情并不感兴趣。二队长见状趁机大肆讥笑罗飞。丁局带着罗飞和二队长来到专门为专案组设置的办公室。二队长取笑专案组的办公室形同虚设，这时音乐声响起，专案组的组员们一一登场。丁局给大家介绍了因果路案情，并说将给他们派遣一名警队精英协助他们办案，二队长立马毛遂自荐，丁局却故意支走他，他心里早有了合适的人选。罗飞不愿外人加入专案组，谢绝丁局的好意，但丁局坚持要给他们加派人手，态度坚决。
罗飞领命后，立马给组员们分派任务，大家分头行动。罗飞来到云笙家中想向云天明了解案情，却受到云笙的阻挠。云笙三言两语就打发罗飞离开，这时他突然收到一段视频。短信内容是云天明被人绑住困在别墅浴缸里的视频，浴缸的水龙头被打开，只剩下十五分钟的时间浴缸就被装满水，云天明命悬一线。云笙立马向罗飞求救，罗飞以最快的速度赶往云家的别墅。途中遇到驾驶着摩托车赶去施救云天明的陆飘飘，陆飘飘和罗飞暗中较劲，你追我赶。罗飞拉响警报直接闯红灯，终于赶在陆飘飘前面到达别墅。罗飞正准备让手下去关水闸，这时陆飘飘赶到现场，她似乎对地形非常熟悉，径直走向云天明被困的浴室，以最快的速度关闭水龙头。罗飞不知陆飘飘身份，随即拔出手枪指向她，命令她摘掉头盔。
被获救的云天明向罗飞介绍了陆飘飘的身份，陆飘飘是学犯罪心理学的，她告诉罗飞段某不是被云天明撞死的，当时云天明喝得烂醉如泥，不省人事，根本没有能力开车，这其中另有隐情。罗飞在浴缸边发现一张死亡通知单，悄悄地收了起来。随后在水闸边又看到另一张通知单，两张通知单的笔迹完全不同。说明现场出现了两个Darker，警方顺藤摸瓜抓住了假Darker，经过审讯得知他只是替死者不平，出手惩治云天明。真Darker却不知所踪。
东南亚某国的路岛监狱刚接受了一批重罪犯人，其中一名叫杭文治的犯人看起来文质彬彬，胆小怕事。他被监狱的黄教官安排到薛天的牢房，杭文治初来乍到，就遭到牢头平哥等人的欺负。
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